San Gimignano ligt, met zijn profiel van torens, op een heuvel (334 m) boven de Elsa Vallei. Ooit was de stad een vestigingsplaats van een klein Etruskisch dorp uit de Hellenistische periode (III-II eeuw voor C.) en later, rond de tiende eeuw, neemt de plaats de naam aan van de Heilige bisschop van Modena: San Gimignano. Hij zou het dorp gered hebben van de barbaarse hordes.
San Gimignano ontwikkelde zich sterk tijdens de middeleeuwen dankzij de ligging aan de Via Francigena. Deze rijkdom is te zien aan de kunstwerken die de kerken en kloosters hier sieren. Op 8 mei 1300 kwam Dante Alighieri naar San Gimignano als ambassadeur van de Guelfa Liga in Toscane.
De verschrikkelijke pest van 1348 en de daarop volgende ontvolking zorgde voor een ernstige crisis in de stad. De degradatie en het verval in de daarop volgende eeuwen kwam pas tot een einde toen men de schoonheid van de stad en zijn culturele belang herontdekte.
